Die Organisation der KPH Wien/Niederösterreich wird von jenen Gremien getragen, die gemäß Statut der Hochschule vorgegeben sind. Es sind diese
- Hochschulrat
- Rektorat
- Institutsleitungen
- Hochschulkollegium
- Arbeitskreis für Gleichbehandlungsfragen und Genderbeauftragung
- Studierendenvertretung
Eine Besonderheit ist das Hochschulpastoralteam, das sich in der kirchlich-ökumenischen Ausrichtung der Hochschule begründet und mit seinen Angeboten Lehrenden und Studierenden zur Verfügung steht.